A.Kasus Tanjung Priok (1984)
Pada tanggal 12 September 1984 terjadi Kasus Tanjung Priok. Korban yang jatuh menurut catatan media massa sebanyak kurang lebih 79 orang. Korban tersebut terdiri atas 24 orang meninggal dan 54 orang mengalami luka-luka. Dalam kasus Tanjung Priok menurut laporan Komnas HAM, telah terjadi pelanggaran HAM berat berupa pembunuhan secara kilat, penangkapan dan penahanan sewenang-wenang, penyiksaan, dan penghilangan orang secara paksa. Proses persidangan sudah dilangsungkan namun hingga kini para pelaku masih berkeliaran bebas diluar sana.
B. Kasus Marsinah (1993)
Marsinah adalah karyawati PT CPS. Ia adalah seorang aktivis buruh. Tanggal 9 mei 1993, mayat Marsinah ditemukan di Dusun Jegong, Kecamatan Wilangan, Kabupaten Nganjuk, Jawa Timur. Diduga keras, Ia tewas dibunuh akibat keterlibatannya dalam demonstrasi buruh di PT CPS tanggal 3 dan 4 mei 1993. Dalam kasus ini Tim terpadu melakukan penyelidikan dan menangkap, memeriksa, dan mengajukan 10 orang yang diduga terlibat. Akan tetapi semua terdakwa ternyata dibebaskan dari segala dakwaan alias bebas murni dalam persidangan kasasi di Mahkamah Agung.
C. Kasus Semanggi I dan II (1998)
Kasus ini diawali peristiwa meninggalnya empat orang mahasiswa yang sedang berunjuk rasa menentang pelaksanaan Sidang istimewa MPR 1998. Ribuan mahasiswa bersama masyarakat menuju kompleks Gedung MPR/DPR pada 18 November 1998. Suasana makin tegang sejak petang hari sampai malam karena aparat kepolisian dan militer berhadapan dengan mahasiswa. Aksi keributan dan pertentangan pun terjadi di kawasan Semanggi. Dalam keributan tersebut, empat orang mahasiswa tertembak.
D. Kasus pembunuhan Munir Said Thalib
Munir ,seorang aktivis HAM Indonesia keturunan Arab-Indonesia dan pendiri KONTRAS (Komisi untuk Orang hilang dan Korban Tindak Kekerasan) dan Imparsal, ia meninggal diudara dalam pesawat GARUDA dengan nomor GA-947 ketika sedang menuju Amsterdam untuk melanjutkan kuliah pascasarjana (7 September 2004). Pemerintah Belanda melakukan otopsi atas jenazah almarhum sesuai hukum nasionalnya. Informasi dari media Belanda diperoleh pihak keluarga almarhum bahwa hasil otopsi Munir oleh Institut Forensik Belanda (NFI) membuktikan bahwa beliau meninggal akibat racun arsensik. Dalam kasus ini Polycarpus Budihari Priyanto ditetapkan sebagai tersangka namun ia telah bebas bersyarat pada (29/8/2018), sebenarnya masih banyak nama-nama tokoh yang terlibat dalam kasus ini namun semuanya tidak terbongkar, dan kasus yang diduga berkaitan dengan aktivitas munir selama hidupnya itu masih belum tuntas hingga sekarang.
E. Kasus Wiji Thukul
Wiji thukul, seorang sastrawan dan aktivis HAM ini adalah salah satu tokoh yang ikut melawan penindasan rezim Orde Baru. Ia melawan dengan senjata berupa “Kata-kata” melalui puisi dan sajaknya ia membuat syair-syair perlawanan atas penindasan rezim orde baru, Hanya dengan bersenjatakan kata-kata ia dihilangan dengan dugaan diculik oleh militer, Sejak tahun 1998 sampai sekarang ia tidak diketahui keberadaannya.
Sebenarnya masih banyak kasus-kasus pelanggaran HAM lainnya yang terjadi diindonesia yang terjadi akibat Sikap egois, Rendahnya kesadaran HAM, Sikap tidak toleran, Penyalahgunaan Kekuasaan, Ketidaktegasan aparat penegak hukum, Teknologi yang disalahgunakan dan Kesenjangan sosial dan ekonomi yang tinggi.